那要看你怎么定义自主研发的了，如果你自己重写内核，你又要问那么你用的编程语言是别人的，那又算不算自主研发？如果语言也自己写，那么用的电脑是别人的，算不算自主研发？
有句话叫：不要重复造轮子。让专业的人做专业的事，你集中精力做好你擅长的事。经济全球化时代，你基本找不到一样东西，所有的零部件从头到尾都是自己生产的，最典型的就是汽车，大到引擎小到一颗螺丝钉，绝大多数都是采购来的。为啥不自己生产，完全没这个必要，上千个零部件，你得建多少生产线，何况难道还要为了生产螺丝钉，自己去开矿吗？难道一定要从头开始做才算自主研发吗？
操作系统内核就像汽车的引擎一样。重写新的内核，不是说不行，但耗费多少人力不说，你还要说服硬件厂商去写驱动适配你的内核，否则你光有内核，没有硬件支持，到头来也只是个空壳。Linux作为一个内核来说，是非常成熟和优秀的，也得到了大量硬件的适配。直接基于Linux开发，相当于你节省了几十年的时间。你只要站在巨人的肩膀上做好你自己擅长的事就行了。安卓系统不就是基于Linux的嘛，也没人不承认安卓不是自主研发的吧？
百度了一下自主开发的定义：自主开发是一种独创性的新产品开发方法。它要求企业根据市场情况和用户需求，或针对原有产品存在的问题，从根本上探讨产品的层次与结构，进行有关新技术、新材料和新工艺等方面的研究，并在此基础上开发出具有本企业特色的新产品，特别是开发出更新换代型新产品或全新产品。
所以如果你是基于Linux写操作系统，如果你做的比别人更优秀，能解决其他同类产品的问题，也有独特创新，那就可以认为是自主研发，毕竟你也付出了很多。
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Linux 是 kernel，相当于汽车的发动机。操作系统是核心设施，相当于离合器传动轴等等。再往上一层是各种应用，相当于车体空调座椅之类。不一定贴切，大致如此吧。做不出发动机，能做离合器这些也算不错了
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我印象中，苹果的iOS，iMac内核都是unix。
Android，三星Bada OS、Tizen OS，诺基亚Meego，都是基于Linux内核。当然Linux是unix衍生的。
也就是说除了微软外，大部分操作系统内核的源头是一家。所以用什么内核和开发出什么操作系统还是有很大差别的。
所以国内使用Linux开发出操作系统可以说是自主研发的。没什么问题。这也有问题的话等于否认了除Windows外大部分的系统了。
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当然算，ucloud的yunos，只是改了一下安卓的虚拟机，马云就宣称自主研发的系统了，你基于Linux的怎么能不算？？而且，还可以学yunos，虽然基于开源项目，但也能搞成闭源的，不跟别人共享去赚钱。
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也算自主研发吧！用Linux内核构建个Linux操作系统并不是很难。一般用于专用的某些功能，编译内核和基础库的时候只编译特定的功能，这样可以减小系统体积和占用资源。如果想了解可以搜一下"lfs构建自己的Linux操作系统"，Linux内核编译。不过Linux内核有协议的，需要开源。
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