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python大数据可视化制作火山图实例

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  本文关键给大家介绍了python大数据可视化制作火山图实例详细说明,感兴趣的小伙伴可以参考借鉴一下,希望可以有一定的帮助,祝愿大家多多的发展,尽早涨薪


  导进控制模块


  importnumpyasnp
  importpandasaspd


  1.载入测试报告


  data=pd.read_csv(r'E:ZYHR.projectrna-seqlianxi1exon_leveldf.csv')


  2.查询数据

  data.head()

01.png

  3.挑选差异基因


  #3.试着写循环系统挑选上下降遗传基因归类取值给"up"和"down"和"nosig"添加pvalue标准
  ###loc函数:根据行检索"Index"中的实际值去取行数据信息(如取"Index"为"A"的行)
  data.loc[(data.log2FoldChange>1)&(data.padj<0.05),'type']='up'
  data.loc[(data.log2FoldChange<-1)&(data.padj<0.05),'type']='down'
  data.loc[(abs(data.log2FoldChange)<=1)|(data.padj>=0.05),'type']='nosig'

  

02.png

       4.查询数据,发觉多了type这某列

  data.head()

03.png

  5.统计个数


  data.type.value_counts()
  up123
  down103
  Name:type,dtype:int64
  data.type.value_counts()
  up123
  down103
  Name:type,dtype:int64


  6.绘火山图


  importseabornassns
  importmath
  importmatplotlib.pyplotasplt
  importmatplotlibasmpl
  %matplotlibinline
  #对padj取个-log10多数
  data['-logpadj']=-data.padj.apply(math.log10)
  #查询
  data[['log2FoldChange','padj','type','-logpadj']].head()
  #先调整一下你的颜色
  colors=["#01c5c4","#ff414d","#686d76"]
  sns.set_palette(sns.color_palette(colors))
  #制图
  ax=sns.scatterplot(x='log2FoldChange',y='-logpadj',data=data,
  hue='type',#色调投射
  edgecolor=None,#点界限色调
  s=8,#点尺寸
  )
  #标识
  ax.set_title("vocalno")
  ax.set_xlabel("log2FC")
  ax.set_ylabel("-log10(padj)")
  #挪动图示部位
  ax.legend(loc='centerright',bbox_to_anchor=(0.95,0.76),ncol=1)

 

03.png

     7.存图


  fig=ax.get_figure()
  fig.savefig('./python_vocalno.pdf')

        

        综上所述,这篇文章就给大家介绍到这里了,希望可以给大家带来帮助。

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