python大数据可视化制作火山图实例

89542767 发布于2023-01-10 14:29 / 573人阅读

　　本文关键给大家介绍了python大数据可视化制作火山图实例详细说明，感兴趣的小伙伴可以参考借鉴一下，希望可以有一定的帮助，祝愿大家多多的发展，尽早涨薪

　　导进控制模块

　　importnumpyasnp
　　importpandasaspd

　　1.载入测试报告

　　data=pd.read_csv(r'E:ZYHR.projectrna-seqlianxi1exon_leveldf.csv')

　　2.查询数据

　　data.head()

　　3.挑选差异基因

　　#3.试着写循环系统挑选上下降遗传基因归类取值给"up"和"down"和"nosig"添加pvalue标准
　　###loc函数：根据行检索"Index"中的实际值去取行数据信息（如取"Index"为"A"的行）
　　data.loc[(data.log2FoldChange&gt;1)&(data.padj&lt;0.05),'type']='up'
　　data.loc[(data.log2FoldChange&lt;-1)&(data.padj&lt;0.05),'type']='down'
　　data.loc[(abs(data.log2FoldChange)&lt;=1)|(data.padj&gt;=0.05),'type']='nosig'

4.查询数据,发觉多了type这某列

　　data.head()

　　5.统计个数

　　data.type.value_counts()
　　up123
　　down103
　　Name:type,dtype:int64
　　data.type.value_counts()
　　up123
　　down103
　　Name:type,dtype:int64

　　6.绘火山图

　　importseabornassns
　　importmath
　　importmatplotlib.pyplotasplt
　　importmatplotlibasmpl
　　%matplotlibinline
　　#对padj取个-log10多数
　　data['-logpadj']=-data.padj.apply(math.log10)
　　#查询
　　data[['log2FoldChange','padj','type','-logpadj']].head()
　　#先调整一下你的颜色
　　colors=["#01c5c4","#ff414d","#686d76"]
　　sns.set_palette(sns.color_palette(colors))
　　#制图
　　ax=sns.scatterplot(x='log2FoldChange',y='-logpadj',data=data,
　　hue='type',#色调投射
　　edgecolor=None,#点界限色调
　　s=8,#点尺寸
　　)
　　#标识
　　ax.set_title("vocalno")
　　ax.set_xlabel("log2FC")
　　ax.set_ylabel("-log10(padj)")
　　#挪动图示部位
　　ax.legend(loc='centerright',bbox_to_anchor=(0.95,0.76),ncol=1)

　7.存图

　　fig=ax.get_figure()
　　fig.savefig('./python_vocalno.pdf')

综上所述，这篇文章就给大家介绍到这里了，希望可以给大家带来帮助。

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