python实现GATK多线程加速示例

89542767 发布于2022-12-19 21:48 / 497人阅读

　　小编写这篇文章的主要目的，主要是给大家去做一个解答，解答的内容，主要是实现GATK多线程加速，那么，具体的一个操作手法是什么呢？怎么去实现加速呢？下面就给大家详细解答下。

　　GATK变异分析

　　对于大数据样本可能会比较慢，因此可以按照染色体拆分后进行多线程并行计算。

　　下面是我写的一个python多线程脚本，仅供参考，拙劣之处敬请指正。

　　#!/usr/bin/python3
　　import _thread
　　import os
　　import threading
　　import time
　　muthreads=[]
　　bam_file="a.mkdup.bam"
　　out_file_prefix="flower"
　　chr_list=["CHR01","CHR02","CHR03","CHR04","CHR05","CHR06","CHR07","CHR08","CHR09","CHR10","CHR11","CHR12","CHR13"]
　　for chr in chr_list:
　　threads_comonder_name="gatk HaplotypeCaller--intervals"+chr+"-R/mnt/j/BSA/02-read-align/Tifrunner2.fasta-I"+bam_file+"-ERC GVCF-O"+out_file_prefix+"-"+chr+".erc.g.vcf"
　　muthreads.append(threads_comonder_name)
　　exitFlag=0
　　class myThread(threading.Thread):
　　def __init__(self,threadID,name,counter,comander):
　　threading.Thread.__init__(self)
　　self.threadID=threadID
　　self.name=name
　　self.counter=counter
　　self.comander=comander
　　def run(self):
　　print("开始线程："+self.name)
　　print_time(self.name,self.counter,5,self.comander)
　　print("退出线程："+self.name)
　　def print_time(threadName,delay,counter,comander):
　　#while counter:
　　if exitFlag:
　　threadName.exit()
　　time.sleep(delay)
　　print(comander)
　　os.system(comander)#调用操作系统命令行处理数据
　　#counter-=1
　　#创建新线程
　　threadlist=[]
　　for i,threadsnu in enumerate(muthreads[0:11]):
　　print(i)
　　print(threadsnu)
　　threadsnew=myThread(1,"Thread-"+str(i),2,threadsnu)
　　threadlist.append(threadsnew)
　　#开启新线程
　　for threads in threadlist:
　　threads.start()
　　for threads in threadlist:
　　threads.join()
　　print("运行结束退出主线程")

　　下面的来自网络未验证

　　多条染色体的同样本的vcf文件合并

　　#for i in{1..22}X Y;do echo"-I final_chr$i.vcf"'';done
　　#for i in{10..19}{1..9}M X Y;do echo"-I final_chr$i.vcf"'';done
　　module load java/1.8.0_91
　　GATK=/home/jianmingzeng/biosoft/GATK/gatk-4.0.3.0/gatk
　　$GATK GatherVcfs
　　-I final_chr1.vcf
　　-I final_chr2.vcf
　　-I final_chr3.vcf
　　-I final_chr4.vcf
　　-I final_chr5.vcf
　　-I final_chr6.vcf
　　-I final_chr7.vcf
　　-I final_chr8.vcf
　　-I final_chr9.vcf
　　-I final_chr10.vcf
　　-I final_chr11.vcf
　　-I final_chr12.vcf
　　-I final_chr13.vcf
　　-I final_chr14.vcf
　　-I final_chr15.vcf
　　-I final_chr16.vcf
　　-I final_chr17.vcf
　　-I final_chr18.vcf
　　-I final_chr19.vcf
　　-I final_chr20.vcf
　　-I final_chr21.vcf
　　-I final_chr22.vcf
　　-I final_chrX.vcf
　　-I final_chrY.vcf
　　-O merge.vcf

　　合并的时候需要注意，vcf文件的顺序跟每个vcf文件里面头文件顺序是相同的。

　　综上所述，这篇文章就给大家介绍到这里了，希望可以给大家带来帮助。

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